Keskkonnaagentuuri andmetel loendati möödunud aastal Eesti teadaolevates kormorani kolooniates haudeasurkonna suuruseks 39 981 pesitsuspaari, kuid loendamata jäänud kolooniaid arvestades võib Eestis hinnanguliselt olla 40 000–41 100 pesitsevat paari.
Loendustulemuste järgi asustab 37 protsenti pesitsevatest kormoranidest Liivi lahe Pärnumaa piirkonna ja 24 protsenti Väinamere laidusid, sisemaal pesitseb 11 protsenti paaridest. Suurim koloonia asub Kihnu seirealal Anilaiul, kus loendati 4000 pesitsuspaari. Üle 3 000-paarised kolooniad leiti ka Kadaklaiul ja Sorgu saarel.
ja